Féminisation, mobilité, indemnités… Les recommandations de la Cour des comptes pour moderniser les carrières des préfets

Près d’un an après l’annonce par Laurent Nuñez de l’abandon de l’arrêté de classement – négocié sous le gouvernement Bayrou et qui prévoyait d’aligner la rémunération et le positionnement hiérarchique des préfets sur ceux des directeurs généraux des services (DGS) -, la Cour des comptes a finalement rendu public, le 28 juillet 2026, son rapport consacré à la gestion des préfets.

Une évolution qui s’inscrit d’ailleurs dans la volonté de l’État de moderniser l’encadrement supérieur de la fonction publique, alors même qu’à l’époque, le ministre de l’Intérieur souhaitait écarter toute « homologie » entre les hauts fonctionnaires de l’État et ceux de la fonction publique territoriale, refusant toute comparaison entre leurs fonctions.

Ainsi, pour justifier cette enquête, la Cour rappelle notamment dans son rapport que « la gestion des emplois de préfets, qui sont nommés par décret en Conseil des ministres, est un enjeu stratégique pour le Président de la République et le Gouvernement ».

Son constat est mitigé : les réformes engagées manquent d’efficacité concernant l’ouverture et la diversification des carrières. Pour y remédier, la Cour des comptes invite le ministère de l’Intérieur à faire évoluer ses pratiques et formule plusieurs recommandations pour moderniser la gestion des préfets.

La féminisation des emplois préfectoraux reste un défi

Dans le détail, les Sages de la rue Cambon dressent plusieurs recommandations. La première concerne la diversification des profils des préfets, qui s’est poursuivie, mais également la féminisation des emplois les plus élevés de la fonction préfectorale, qui demeure en retard.

La Cour souligne ainsi que « la diversification des profils professionnels des préfets a été engagée », traduisant la volonté « d’ouvrir l’accès aux emplois de préfets à d’autres profils que ceux issus d’un parcours-type interne au ministère de l’Intérieur ».

Dans les faits, la proportion de préfets nommés pour la première fois est passée de 32 % fin 2019 à 42 % fin 2024. De même, la part des préfets affectés au ministère de l’Intérieur à l’issue de leur scolarité à l’ENA a reculé de 86 % à 75 % sur la même période, illustrant un renouvellement progressif des profils.

En revanche, la féminisation des emplois préfectoraux les plus élevés reste un point de vigilance. Entre 2019 et 2024, la part des femmes est passée de 21 % à 14 % parmi les préfets de région du groupe II (hors outre-mer) et de 27 % à 20 % dans le groupe III, qui regroupe les préfets de département et les préfets de région d’outre-mer.

Même si le ministère de l’Intérieur a mis en place plusieurs mesures pour favoriser l’accès des femmes aux fonctions préfectorales, notamment un cycle de formation dédié aux cadres féminins, la Cour estime que ces efforts doivent être poursuivis. Cette dernière recommande notamment de favoriser l’accès des préfètes du groupe IV, qui regroupe les emplois de préfets délégués, de sous-préfets et de préfets chargés de mission, à des responsabilités plus élevées, alors que leur proportion est passée de 32 % à 46 %.

Enfin, la Cour rappelle qu’« il incombe à l’autorité de nomination de veiller à la cohérence des décisions de nomination (…) avec l’objectif de féminisation des emplois supérieurs de l’État fixé par la loi ».

Des carrières préfectorales encore trop peu ouvertes sur l’interministériel

En ce qui concerne la réforme de l’encadrement supérieur de l’État, qui vise à remplacer progressivement une logique de corps et de carrière par une gestion davantage fondée sur les emplois, les compétences et les mobilités, la Cour estime qu’elle n’a toutefois eu que des effets limités sur l’ouverture interministérielle des parcours professionnels des préfets. Le nombre d’anciens préfets exerçant désormais des fonctions en dehors du ministère de l’Intérieur a ainsi diminué entre fin 2019 et fin 2024, passant de 66 à 57.

Le ministère a néanmoins engagé une évolution des parcours afin d’anticiper l’entrée en vigueur complète, en 2032, de la limitation à neuf années consécutives de présence dans un même emploi de préfet. Pour la Cour, ces mesures restent encore récentes et d’une portée limitée. Elle appelle donc à renforcer les actions destinées à diversifier et décloisonner les trajectoires professionnelles à l’échelle interministérielle, conformément à la feuille de route de la déléguée à l’encadrement supérieur.

À défaut, l’administration pourrait être confrontée à un nombre croissant de préfets sans affectation. La Cour recommande également de mieux encadrer les missions temporaires confiées aux préfets en attente de poste, afin qu’elles présentent systématiquement une réelle plus-value pour l’administration.

La Cour appelle à revoir la gestion des avantages financiers

Enfin, la Cour des comptes estime que la forte revalorisation du régime indemnitaire des préfets n’a pas été accompagnée d’une évolution suffisante des règles d’attribution pour s’inscrire pleinement dans les lignes de gestion interministérielle.

Elle appelle ainsi à davantage de transparence, notamment par la publication d’un bilan annuel de l’attribution du régime indemnitaire de l’encadrement supérieur du ministère, la formalisation des critères de réévaluation biennale de l’indemnité de fonctions, de sujétions et d’expertise (IFSE), ainsi que par une amélioration du dispositif de complément indemnitaire annuel (CIA).

Celle-ci passerait notamment par une clarification des critères d’attribution de la part ministérielle, une meilleure articulation avec la part interministérielle, et une communication plus précise aux préfets sur les montants qui leur sont versés.

La Cour rappelle également une recommandation déjà formulée en 2014, restée sans effet à ce jour : la nécessité de revaloriser le barème des avantages en nature dont bénéficient les préfets, jugé sous-évalué au regard de leur assujettissement aux prélèvements sociaux et à l’impôt sur le revenu.